01 - New Republic Base at Altyr 5
Oproti hře Jedi Knight: Dark Forces II je v Mysteries of the Sith pouze jeden konec, čili špatné činy (zabíjení civilistů a spojenců) se neprojevují na vašem přiklonění k temné nebo světlé straně, při zabití civilisty nebo spojeneckého vojáka vám však hra sebere energii pro dovednosti. V popisu vycházím z předpokladu, že máte za sebou JK:DF2, takže se omezím víceméně jen na popis tajných míst, protože byste měli být uvyklí na postupy použité v této dvojici her.
Doporučuji nechat si při hraní s Marou Jade pár hvězd do některé ze schopností pro útok na dálku (Destruction, Deadly Sight, Chain Lightning), v posledních třech misích by se vám to mohlo hodit.
Na začátku je prvním úkolem stiskem tlačítka zavřít vrata hangáru. Projděte chodbou do místnosti s proraženou zdí, ze které vylézají stormtroopeři. Proti otvoru je druhé patro, kam skočte, a v další puklině vyskočte nahoru, tam je Secret 1.
O kus dále najdete modrý klíč. Předtím jste prošli místností se stropem, kde jsou trámy, nad nimiž jsou Secret 2 a Secret 3, tak se tam pokuste vyskočit.
Secret 4 je skryt za mříží v jednom koutě chodby ke generátoru, který máte za úkol zapnout.
Poté, co přepnete vysílačku na záložní zdroj, projděte dveřmi v předchozí místnosti a skočte přes zábradlí, za mříží je Secret 5.
Secret 6 je opět za mříží, tentokrát v hangáru u vrat. V sousedním hangáru je AT-ST, který zničte. V koutě si všimněte mříže, kterou vede vaše cesta ke konci mapy. Je umístěna zrcadlově k tajnému místu.