Je to již pět let, co se z Galaktické republiky stalo Impérium. Bývalý Padawan Cal Kestis se skrývá na planetě Bracca, kde se zabývá rozebíráním zničených vesmírných lodí. Jeho spolupracovník Prauf se dostane do nebezpečí a Cal ho zachrání použitím Síly. Všimne si toho imperiální sonda a na planetě se objeví inkvizitoři. Calovi se podaří utéct díky pomoci posádky lodi Stinger Mantis. Tuto posádku tvoří pilot Greez Dritus a bývalá Jedi Cere Junda.
Cere vezme Cala na planetu Bogano a doufá, že se Cal dostane do staré krypty. Cestou se Cal seznámí s droidem BD-1, který mu ukáže zprávu od mistra Jedi Eno Cordovy, který učil Cere. V kryptě se má nacházet holokron se seznamem dětí, které mají dar používat Sílu. Cal chce holokron získat, ale to znamená se vydat ve stopách Cordovy.
Putování zavede loď Stinger Mantis a její posádku na několik míst. První zastávkou je Zeffo, odkud pocházeli stavitelé krypty. Tam najde Cal stopu, která vede k Tarffulovi z Kashyyyku. Zde se Cal spojí s domorodci a povstalcem Sawem Gerrerou a osvobodí několik zajatých Wookiů.
Tarffula ovšem nenajde a vrátí se na Zeffo doufaje, že najde další stopy. Napadne ho Druhá sestra, která se představí jako Trilla Suduri, bývalá Padawanka Cere. Má pocit, že ji Cere zradila, a Calovi řekne, že ho Cere zradí také. Cal se zachrání a zjistí, že potřebuje artefakt zvaný Astrium, aby odemkl kryptu. Než se dostane k Mantis, je zajat lovcem odměn. Musí bojovat v gladiátorské aréně a nakonec ho najde posádka Mantis.
Konečně zpátky na Kashyyyku se od Tarffula Cal dozví, kde hledat další stopu, a ta vede na Dathomir, kde je prastará hrobka. Postup na Dathomiru komplikuje střet s Noční sestrou Merrin, která Jedi obviňuje z masakru svých sester během Klonových válek. Cala se zmocní silná vzpomínka na jeho mistra, který se obětoval během rozkazu 66, aby Cala zachránil. Calův kyber krystal je zničen.
Cal se na Dathomiru setká s bývalým Jedi Malicosem, který propadl temné straně Síly a snaží se poznat dovednosti Nočních sester. Cal odmítne jeho nabídku se od něj učit a opouští Dathomir, aby se vydal na Ilum opravit svůj meč. Pak se vrátí na Dathomir, získá Astrium, porazí Malicose a překvapivě se spojí s Merrin, která souhlasí, že se přidá k posádce Mantis.
Zpátky na Boganu Cal odemkne kryptu. Napadne ho Trilla a sebere mu holokron. Cal a Cere se vydávají do pevnosti inkvizitorů na měsíci Nur. Cal porazí Trillu a získá holokron. Trilla se smíří s Cere, ale krátký okamžik míru ukončí Darth Vader, zabije Trillu a vrhne se na dvojici hrdinů. Ti o vlásek uniknou zejména díky pomoci Merrin.
Zpět na Mantis Cal dospěje k závěru, že bezpečnější bude holokron zničit. Jinak by děti byly v ještě větším nebezpečí, kdyby je začal trénovat.